perufaunads004

# Instalar versión de desarrollo desde GitHub:
# remotes::install_github("PaulESantos/perufaunads004")

library(tidyverse)
#> ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
#> ✔ dplyr     1.2.1     ✔ readr     2.2.0
#> ✔ forcats   1.0.1     ✔ stringr   1.6.0
#> ✔ ggplot2   4.0.3     ✔ tibble    3.3.1
#> ✔ lubridate 1.9.5     ✔ tidyr     1.3.2
#> ✔ purrr     1.2.2     
#> ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
#> ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
#> ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
#> ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors
library(perufaunads004)

nombres <- c(
  "Tremarctos ornatus (F. Cuvier, 1825)",
  "Telmatobius culeus (Garman, 1876)",
  "Lama guanicoe cacsilensis Lönnberg, 1913",
  "Tingomaria hydrophila"
)

ds004_classify_spnames(nombres)
#> # A tibble: 4 × 6
#>   submitted_name                  clean_name genus species subspecies authorship
#>   <chr>                           <chr>      <chr> <chr>   <chr>      <chr>     
#> 1 Tremarctos ornatus (F. Cuvier,… Tremarcto… Trem… ornatus <NA>       (F. Cuvie…
#> 2 Telmatobius culeus (Garman, 18… Telmatobi… Telm… culeus  <NA>       (Garman, …
#> 3 Lama guanicoe cacsilensis Lönn… Lama guan… Lama  guanic… cacsilens… Lönnberg,…
#> 4 Tingomaria hydrophila           Tingomari… Ting… hydrop… <NA>       <NA>

lista_campo <- c(
  "Tremarctos ornatus",    # Exact match (Oso andino - VU)
  "Oreonax flavicauda",    # Sinónimo de Lagothrix flavicauda (Mono choro de cola amarilla - CR)
  "Vultor gryphus",        # Typo corregido por fuzzy matching (Cóndor andino - EN)
  "Podiceps taczanowskii", # Zambullidor de Junín (CR)
  "Telmatobius sp.",       # Género con múltiples especies amenazadas
  "Panthera leo"           # Especie exótica no listada
)

resultado <- fauna_matching(lista_campo)

resultado |>
  select(submitted_name, matched_name, match_type, ds004_code, libro_rojo_code, clase, common_name)
#> # A tibble: 6 × 7
#>   submitted_name        matched_name match_type ds004_code libro_rojo_code clase
#>   <chr>                 <chr>        <chr>      <chr>      <chr>           <chr>
#> 1 Tremarctos ornatus    Tremarctos … exact      VU         VU              Mamí…
#> 2 Oreonax flavicauda    Oreonax fla… exact      CR         <NA>            Mamí…
#> 3 Vultor gryphus        Vultur gryp… fuzzy      EN         EN              Aves 
#> 4 Podiceps taczanowskii Podiceps ta… exact      CR         CR              Aves 
#> 5 Telmatobius sp.       Telmatobius… genus      Multiple   Multiple        Anfi…
#> 6 Panthera leo          <NA>         no_match   <NA>       <NA>            <NA> 
#> # ℹ 1 more variable: common_name <chr>

# Obtener como tibble estructurado:
ficha_oso <- get_ficha("Tremarctos ornatus")

# O imprimir en consola con formato enriquecido mediante cli:
get_ficha("Penelope albipennis", print_details = TRUE)
#> ── FICHA TÉCNICA • Penelope albipennis ─────────────────────────────────────────
#> • Especie: Penelope albipennis Taczanowski, 1878
#> • Nombre común: Pava de ala blanca, pava aliblanca
#> • Categoría Libro Rojo: [CR] CR / C2a, D
#> • Jerarquía taxonómica: Aves (Clase Aves) → Galliformes → Cracidae
#> 
#> ℹ Justificación Técnica de la Categorización
#> Esta ave se encuentra en un hábitat frágil y se distribuye en forma fragmentada
#> en un área de distribución de aproximadamente 1500 km2. El hábitat sufre de
#> intensas sequías y cada cierto tiempo del fenómeno de El Niño con lluvias
#> extremas. El número de individuos adultos y reproductores no supera los 250
#> ejemplares.
#> 
#> ℹ Distribución Geográfica y Localidades
#> Endémica peruana. Entre los 5º 25’ S - 79º 55’ W al norte y los 6º 39’ 25” S -
#> 79º 22’ 30” W al sur, dentro del bosque seco ecuatorial de la región tumbesina,
#> en la vertiente occidental de la cadena principal de los Andes, en los
#> departamentos de Piura, Lambayeque y Cajamarca. Altitudinalmente, se le
#> encuentra principalmente entre los 300 y 1100 m, aunque ha sido reportada hasta
#> los 1400 m.
#> 
#> ✖ Principales Amenazas y Presiones Antrópicas
#> De acuerdo con el Plan Nacional para la Conservación de la Pava Aliblanca
#> (Serfor, 2016), la problemática de la especie incluye caza y captura ilegal por
#> parte de cazadores foráneos y comuneros, deforestación por actividades
#> antrópicas y fragmentación de hábitat. La deforestación se produce por
#> expansión de la frontera agrícola, mala práctica ganadera, tala del bosque
#> natural para leña, carbón, o elaboración de artesanías, concesiones mineras,
#> reducción de los ojos de agua o “jagueyes” debido a sobreexplotación agrícola.
#> La fragmentación de hábitat proviene de la construcción de carreteras e
#> incremento de tránsito vehicular, que generan barreras que afectan la
#> dispersión y promueven el asentamiento de poblaciones humanas. Por otro lado,
#> esta pava posee una serie de características biológicas que incrementan su
#> sensibilidad frente a amenazas externas, como un ciclo que incluye una sola
#> reproducción al año, monogamia y comportamiento territorial, nidada pequeña
#> (uno a tres huevos o polluelos por pareja al año), madurez sexual tardía y una
#> conducta evasiva y susceptible al estrés.
#> 
#> ✔ Medidas de Conservación y Representatividad en el SINANPE
#> La especie y su hábitat están legalmente protegidos en el Refugio de Vida
#> Silvestre Laquipampa, el Área de Conservación Regional Bosque Moyán-Palacios,
#> el Área de Conservación Regional Bosques Secos de Salitral- Huarmaca y el Área
#> de Conservación Privada Chaparrí. Es manejada en cautiverio, y se contó con un
#> programa de reintroducción entre 2001-2007. Además, cuenta con un Plan Nacional
#> para su Conservación publicado en el 2016 y válido entre el 2016 y 2021
#> (Serfor, 2016). Se sugiere ampliar el conocimiento sobre la especie, su hábitat
#> y el manejo en cautiverio, evitar la caza y captura de ejemplares de pava
#> aliblanca y reducir la deforestación y fragmentación del hábitat (Serfor,
#> 2016). Además, se recomienda continuar con las campañas de educación ambiental
#> (Riva, 2009), asegurar fondos para los zoocriaderos y reflotar el zoocriadero
#> Bárbara D´Achille con apoyo privado, realizar un studbook de los ejemplares en
#> cautiverio, internacionalizar el apoyo a la cría en cautiverio con
#> participación de zoológicos y entidades que permitan su sostenibilidad en el
#> tiempo y confirmar la existencia de la población del Marañón (Mark, 2011).
#> 
#> ℹ Especialistas autores: V. R. Díaz, F. Angulo
#> ───────── SERFOR (2018) • Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú ──
#> # A tibble: 1 × 17
#>   genus    species    subespecie species_autor class_name order_name family_name
#>   <chr>    <chr>      <chr>      <chr>         <chr>      <chr>      <chr>      
#> 1 Penelope albipennis <NA>       Taczanowski,… Aves       Galliform… Cracidae   
#> # ℹ 10 more variables: species_name <chr>, ficha_categoria <chr>,
#> #   ficha_grupo <chr>, common_name <chr>, justificacion <chr>,
#> #   distribucion <chr>, amenazas <chr>, conservacion <chr>, autores <chr>,
#> #   canonical_name <chr>

is_threatened(c("Tremarctos ornatus", "Panthera leo", "Penelope albipennis"))
#> [1]  TRUE FALSE  TRUE