Langkah ini merupakan langkah yang paling rumit. Penulis mengasumsikan bahwa LILO telah terinstal di dalam Master Boot Record (MBR) dari hard disk lama; kondisi ini merupakan konfigurasi yang paling umum.
Anda bermaksud menginstal LILO ke dalam disk yang sekarang menjadi disk kedua. LILO dipastikan tidak akan dapat dijalankan dari hard disk kedua; namun demikian, dokumentasi LILO tidak mengantisipasi bahwa Anda bermaksud untuk menginstal LILO ke dalam disk yang kedua, misalnya pada saat hard disk pertama akan dilepaskan:
LILO tidak dapat diletakkan di dalam setiap lokasi berikut:
Namun demikian, dokumentasi tadi tidak menjelaskan satupun cara yang tepat untuk menginstal LILO di dalam hard disk kedua seandainya hard disk pertama akan dilepaskan, dan sesudah mencoba beberapa kali akhirnya penulis menyimpulkan bahwa merupakan suatu yang tidak mungkin untuk menginstal LILO ke dalam MBR dari hard disk kedua dan membuatnya langsung berjalan.
Sebagai gantinya, penulis menyarankan untuk menggunakan sebuah disket boot untuk melakukan boot yang pertama kali terhadap disk yang baru tadi.
Masukkanlah sebuah disket kosong, lakukan format terhadapnya, buatlah file sistem di dalamnya, kemudian pasangkanlah:
fdformat /dev/fd0H1440 mkfs.ext2 /dev/fd0 mount -t ext2 /dev/fd0 /mnt
(Hanya bagi distribusi Debian: Perintah "fdformat" tidak termasuk ke dalam instalasi dasar dari Debian. Jika Anda tidak memiliki perintah ini maka Anda dapat melewati perintah ini jika floppy memang sudah di-format. Dalam kasus ini, Anda harus memeriksa block yang rusak dari disket tadi dengan menambahkan "-c" sesudah perintah "mkfs.ext2".)
(Hanya bagi distribusi Debian dan Slackware: Gunakanlah perintah fdformat /dev/fd0h1440 dengan huruf kecil dari "h".)
Copy-lah semua file yang terdapat di dalam direktori /boot ke dalam disket tadi:
cp -dp /boot/* /mnt
(Hanya bagi distribusi Slackware: Copy-lah file /vmlinuz ke dalam disket boot; gunakan perintah cp /vmlinuz /mnt.)
Buatlah sebuah file baru yaitu /mnt/lilo.conf dengan isi sebagai berikut:
boot=/dev/fd0 # Instal LILO ke dalam sebuah floppy disk.
map=/mnt/map # Lokasi dari "map file".
install=/mnt/boot.b # File yang akan di-copy ke dalam
# boot sector dari floppy.
prompt # LILO akan menampilkan prompt sbb: "LILO boot:"
timeout=50 # Secara default sistem akan di-boot setelah 5 detik
# (Angka yang diberikan adalah dalam sepersepuluh detik)
image=/mnt/vmlinuz # Lokasi dari kernel Linux kernel di dalam floppy.
label=linux # Label bagi sistem Linux
root=/dev/hda1 # Lokasi dari partisi root partition
# di dalam hard disk baru
# Modifikasilah lokasi ini untuk
# disesuaikan dengan sistem Anda
# Perhatikan bahwa Anda harus menggunakan
# nama dari lokasi
# yang nanti akan Anda gunakan,
# sesudah disk lama telah
# dilepaskan.
(Hanya bagi distribusi Debian: Di dalam baris "image" diatas, gunakanlah nama sebenarnya dari kernel Linux. Misalnya, pada Debian 1.3.1, gunakanlah "/mnt/vmlinuz-2.0.29".)
Installah LILO ke dalam disket boot tadi:
/sbin/lilo -C /mnt/lilo.conf
Opsi -C dari perintah di atas adalah memberitahukan /sbin/lilo mengenai file konfigurasi yang digunakan.
Lepaskanlah (unmount) disket tadi:
umount /mnt
Kemudian lakukan shut down terhadap sistem.